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Valorisation, transfert de technologie et innovation issue de la recherche publique

Chercheur.e en pathogénomique des intéractions riz-champignons pathogènes

Cirad

CDI
Chercheur.e en pathogénomique des intéractions riz-champignons pathogènes (H/F)
Cirad

Date de debut : 01-10-2021

Lieu : Burkina Faso

Salaire : 27-37 k€

Mise à jour il y a 119 jours

CONTEXTE MISSION

Le Cirad recrute un.e chercheur.e en pathogénomique pour l'UMR PHIM (Plant Health Institute of Montpellier) qui s'intéresse aux interactions entre le riz et les champignons pathogènes.
Une des finalités des travaux de recherche développés par l'Institut de santé des plantes de Montpellier (PHIM) est la conception de méthodes de lutte durables contre les maladies fongiques des céréales alimentaires, en particulier le riz, une filière clé de la sécurité et de la souveraineté alimentaire en Afrique de l'Ouest. PHIM produit des connaissances sur la biologie, la diversité et l'épidémiologie des agents pathogènes ainsi que des outils de diagnostic de terrain pour contribuer à la mise au point de méthodes de lutte prophylactiques (réduction de l'inoculum primaire), agronomiques (pratiques culturales limitant la propagation épidémique) et génétiques (résistances variétales).
En utilisant des approches de génomique des populations, vous étudierez l'émergence de maladies fongiques du riz (en premier lieu l'helminthosporiose) à travers l'analyse i) de la dynamique évolutive des populations de l'agent pathogène, ii) des facteurs génétiques gouvernant l'interaction entre l'hôte et l'agent pathogène, et iii) de l'impact des pratiques culturales et des facteurs climatiques sur ces interactions. Pour cela, vous mettrez en place une approche de pathogénomique de terrain (« field pathogenomics ») qui utilise un génotypage des populations de champignons phytopathogènes par séquençage de tissus de plantes infectés et collectés au champ. Cette méthode innovante sera déployée en Afrique de l'Ouest et mise en œuvre pour étudier la biologie des agents pathogènes, ainsi que la structure et la dynamique de leurs populations.
Le poste demandé par le CIRAD nécessite une formation solide en génomique et génétique des populations, une expérience forte en biologie moléculaire, en analyse de données de séquençage et utilisation d'outils bio-informatiques, et des connaissances en phytopathologie et statistiques. Des connaissances dans un des domaines suivants seront un plus : épidémiologie, amélioration des plantes et agronomie. Des expériences de recherche de terrain sont souhaitées et un goût pour le travail d'équipe est indispensable.
Vous développerez votre projet de recherche au sein de l'équipe Blast du pôle ITEM en collaboration avec les partenaires locaux, en particulier avec le Laboratoire Mixte International PathoBios à Bobo-Dioulasso au Burkina Faso. Vous contribuerez au transfert de technologies (y compris pour d'autres pathosystèmes), à la formation de jeunes chercheurs et chercheuses et au renforcement d'un réseau international et régional de phytopathologie du riz.

Profil

Doctorat en biologie
Expertise en génétique et génomique des populations.
Compétences avérées en biologie moléculaire, génomique, et bioinformatique
Connaissances en phytopathologie et analyses statistiques nécessaires
Connaissances en épidémiologie, amélioration des plantes et agronomie appréciées

Adaptabilité
Expérience et goût prononcé pour le travail de terrain
Aptitude et goût pour le travail en équipe

Forte motivation pour vivre et travailler en expatriation dans les pays du Sud (résidence ou expérience dans ces pays appréciée)

Maîtrise de l'anglais scientifique (écrit et parlé)

COMPÉTENCES

-

contact

Nom

Marianne CARVALHO

Mail

emploi@cirad.fr

Adresse

389 avenue agropolis

CANDIDATURE

Processus

Postuler directement sur :

https://recrutement.cirad.fr/offre-de-emploi/emploi-chercheur-e-en-pathogenomique-des-interactions-riz-champignons-pathogenes-f-h_4956.aspx

Pièces à joindre au dossier

C.V., Lettre de motivation