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Valorisation, transfert de technologie et innovation issue de la recherche publique

Ingénieur.e: construction d'un système d'information dédié à la génomique des caféiers diploïdes

Cirad

CDI
Ingénieur.e: construction d'un système d'information dédié à la génomique des caféiers diploïdes (H/F)
Cirad

Date de debut : 01-02-2022

Lieu : Montpellier

Salaire : 27 à 37 K€ annuel brut

Mise à jour il y a 46 jours

CONTEXTE MISSION

Le café joue un rôle environnemental, social et économique important dans plus de 50 pays de la zone tropicale. L'industrie européenne du café représente plus de 60% de l'industrie mondiale du café. L'industrie et l'ensemble des acteurs de la chaine de valeur du café sont conscients des risques graves que pose le réchauffement climatique pour l'approvisionnement mondial en café. Le commerce mondial du café repose sur deux espèces : l'arabica (Coffea arabica, environ 60% du café commercialisé) et le robusta (Coffea canephora les 40% restants). Le contrat Nestlé-Cirad a fait le choix de se focaliser sur le robusta et les espèces diploïdes sauvages associées (alliance canephora : C. congensis et C. brevipes) qui offrent de loin la plus grande diversité génétique et le plus grand potentiel d'amélioration variétale.

Le projet Nestlé-CIRAD a pour objectif de produire des connaissances génétiques fondamentales (études pangénomique) pour permettre une utilisation et une préservation efficaces des ressources génétiques du caféier pour le développement de cultivars améliorés en termes de qualité et de réduction des coûts économiques et environnementaux.

Un des objectifs finaux de ce projet sera le développement de marqueurs moléculaires qui seront utilisés comme outil de génotypage pour sélectionner les plantes à des stades de développement précoces en champs dans le cadre de la sélection assistée par marqueurs, permettant d'une part, l'identification des plantes élites à conserver et d'autre part, l'élimination des plantes indésirables très tôt au cours des programmes de sélection.

Dans ce contexte, le CIRAD recrute un.e ingénieur.e en bio-informatique pour la conception d'un système d'information dédié à la génomique du café. L'ingénieur.e aura en charge la construction d'un nouveau Coffea Genome Hub afin de centraliser l'ensemble des ressources génomiques produites sur les caféiers Robusta et de proposer les outils adaptés pour la recherche de gènes candidats (Gene Search, BLAST) et pour la visualisation des données via un navigateur de génome (JBrowse).

Les missions seront axées sur :
1. La rédaction d'un plan de gestion de données incluant les ressources génomiques et transcriptomiques produites avant et dans le cadre de ce projet en incluant la définition des métadonnées (provenance, méthodologies et paramètres de production des données, accessibilités…),
2. La mise en place de workflow pour l'annotation structurale et fonctionnelle des 8 accessions représentatives du maximum de la diversité Robusta,
3. La comparaison de ces différents génomes par des approches de génomiques comparatives (orthologie et synténie)
4. La construction du Coffea Genome Hub, et le déploiement des outils de recherche et visualisation associés

Profil

Le café joue un rôle environnemental, social et économique important dans plus de 50 pays de la zone tropicale. L'industrie européenne du café représente plus de 60% de l'industrie mondiale du café. L'industrie tout comme l'ensemble des acteurs de la chaine de valeur du café sont conscients des risques graves que pose le réchauffement climatique pour l'approvisionnement mondial en café. Le commerce mondial du café repose sur deux espèces : l'arabica (Coffea arabica), qui représente environ 60% du café commercialisé, et le robusta (Coffea canephora), les 40% restants. Le contrat Nestlé-Cirad a fait le choix de se focaliser sur le robusta et les espèces diploïdes sauvages associées (alliance canephora : C. congensis et C. brevipes) qui offrent de loin la plus grande diversité génétique et le plus grand potentiel d'amélioration variétale.

Le projet Nestlé-CIRAD a pour objectif de produire des connaissances génétiques fondamentales (études pan-génomique) pour permettre une utilisation et une préservation efficaces des ressources génétiques du caféier pour le développement de cultivars améliorés en termes de qualité et de réduction des coûts économiques et environnementaux.

Un des objectifs finaux de ce projet sera le développement de marqueurs moléculaires qui seront utilisés comme outil de génotypage pour sélectionner les plantes à des stades de développement précoces en champs dans le cadre de la sélection assistée par marqueurs, permettant d'une part, l'identification des plantes élites à conserver et d'autre part, l'élimination des plantes indésirables très tôt au cours des programmes de sélection.

Dans ce contexte, le CIRAD recrute un.e ingénieur.e en bio-informatique pour la conception d'un système d'information dédié à la génomique du café. La personne recrutée aura en charge la construction d'un nouveau Coffea Genome Hub afin, d'une part, de centraliser l'ensemble des ressources génomiques produites sur les caféiers Robusta, et d'autre part, de proposer les outils adaptés pour la recherche de gènes candidats (Gene Search, BLAST) et pour la visualisation des données via un navigateur de génome (JBrowse).

Plus spécifiquement, ses missions seront axées sur :
1. La rédaction d'un plan de gestion de données incluant les ressources génomiques et transcriptomiques produites avant et dans le cadre de ce projet en incluant la définition des métadonnées (provenance, méthodologies et paramètres de production des données, accessibilités…),
2. La mise en place de workflow pour l'annotation structurale et fonctionnelle des 8 accessions représentatives du maximum de la diversité Robusta,
3. La comparaison de ces différents génomes par des approches de génomiques comparatives (orthologie et synténie)
4. La construction du Coffea Genome Hub, et le déploiement des outils de recherche et visualisation associés

Ce poste est un « CDI de projet », nouveau type de contrat instauré par la Loi de Programmation de la Recherche

 

Profil souhaité

 

Diplôme de type master 2 ou école d'ingénieur en bioinformatique ou informatique ; diplômé en 2019-2020 ou 2020-2021.

Compétences scientifiques et techniques requises :
- Bonne connaissance théorique des approches de bioinformatique pour l'analyse de données NGS
- Bonne connaissance en bases de données relationnelles (SQL)
- Développement d'applications Web (PHP, Drupal, CSS, Javascript)
- Programmation en Python, bash

Compétences complémentaires appréciées :
- Utilisation courante d'environnements de calcul haute-performance (cloud ou cluster)
- Expérience dans l'utilisation et le développement avec des gestionnaires de workflow (Snakemake, Nextflow, …)
- Utilisation courante du logiciel de gestion de version git

Compétences relationnelles :
- Goût pour le travail en équipe dans un environnement multidisciplinaire
- Autonomie et sens de l'initiative
- Capacité à s'adapter pour communiquer même face à un public de non spécialistes

COMPÉTENCES

-

contact

Nom

Marianne Carvalho

Mail

emploi@cirad.fr

Adresse

avenue agropolis Montpellier

CANDIDATURE

Processus

Postuler sur : 

https://recrutement.cirad.fr/offre-de-emploi/emploi-ingenieur-e-construction-d-un-systeme-d-information-dedie-a-la-genomique-des-cafeiers-diploides_5345.aspx

Pièces à joindre au dossier

C.V., Lettre de motivation