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Valorisation, transfert de technologie et innovation issue de la recherche publique

Ingénieur.e d'étude en bioinformatique et traitement d'images pour les comptages de nématodes

Carvalho Marianne

CDD
Ingénieur.e d'étude en bioinformatique et traitement d'images pour les comptages de nématodes (H/F)
Carvalho Marianne

Date de debut : 03-01-2022

Lieu : Minimum 80% à Congénies dans les locaux d'Elisol, et temps complémentaire au CIRAD à Montpellier

Durée : 18 mois

Salaire : 27-37K annuels

Mise à jour il y a 46 jours

CONTEXTE MISSION

Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires.

Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement.   

Dans le cadre du Plan France Relance, l'UR GECO et la société ELISOL collaborent ensemble notamment pour la mise au point de méthodes de comptage des nématodes des bananiers. 

Profil

L'unité de recherche GECO (Fonctionnement écologique et gestion durable des agrosystèmes bananiers et ananas) développe des recherches en agronomie et en écologie fonctionnelle pour améliorer la durabilité environnementale, économique et sociale des systèmes agricoles à base de bananiers ou d'ananas. La société Elisol est une jeune société spécialisée dans le diagnostic phytosanitaire et en santé des sols. L'identification de nématodes (bio-indicateurs ou phytoparasites) est son cœur de métier.

La personne recrutée aura pour mission de participer au développement d'une approche originale permettant d'analyser automatiquement l'abondance et de classifier au niveau taxonomique du genre les nématodes extraits de racines. Ces comptages sont actuellement réalisés manuellement mais sont difficiles et chronophages, alors que les informations résultantes de ces mesures sont essentielles pour comprendre et gérer les agrosystèmes. Les nématodes sont une famille d'organismes du sol à la fois des bioagresseurs majeurs, en particulier dans les agrosystèmes bananiers, et sont aussi des indicateurs du fonctionnement écologique des agrosystèmes.


Des compétences en informatique et traitement d'images numérique sont nécessaire pour réaliser le couplage de prises de vue appropriées de ces nématodes avec l'analyse automatique pour la détection, la classification et le dénombrement de ces organismes. Cette nouvelle méthode présentera un immense potentiel pour faciliter et fiabiliser ces mesures. Au sein de l'unité GECO il a été montré le potentiel des réseaux de neurones convolutifs (CNN) dans la détermination des insectes (même de petite taille).
Elisol a développé une méthode de prise de vue en microscopie pour le dénombrement des nématodes sur image qui permet la conduite de ce projet ; d'autres techniques de prises de vue seront à évaluer en comparaison.


Dans ce poste, il s'agira en priorité de développer une chaine d'analyse permettant d'automatiser le comptage et la détermination des nématodes phytoparasites des racines de bananiers en mobilisant les approches d'intelligence artificielle tel que les CNNs (e.g. Yolo comme dans le pipeline Corigan) développées au sein de l'unité GECO et aussi utilisées sur les nématodes par Elisol depuis 2020. Ce travail devra être mené en articulation avec une prise de vue automatisée des plaques de lecture, ceci afin d'atteindre les objectifs de gain de productivité et de fiabilité escomptés.

COMPÉTENCES

Vous êtes titulaire d'un master 2 en technologies de l'information appliquée à l'agriculture et vous avez obtenu votre diplôme en 2019, 2020 ou 2021 (condition impérative liée au cadre d'embauche soutenu par le plan France Relance).

Les candidats titulaires d'un doctorat peuvent également postuler s'ils sont intéressés par un travail d'ingénierie opérationnel.

Vous avez de bonnes compétences en informatique, en particulier en analyse d'images, et si possible avec l'utilisation des techniques de réseaux de neurones. Vous êtes également en capacité d'interfacer les outils d'analyse avec les utilisateurs.

Vous avez un gout pour la biologie afin d'assurer les missions suivantes :
- explorer différentes approches de prises de vue et de microscopie appliquée à la biologie ;
- réaliser les photos des échantillons à analyser pour développer la chaine de traitement ;
- participer à la création des bases de données d'images des différents taxons à dénombrer (Radopholus, Pratylenchus, Helicotylenchus….

Vous êtes autonome dans votre travail mais vous appréciez aussi le travail en équipe.

Le poste sera à 80% à Congénies (30) près de Sommières dans les locaux d'Elisol et à temps complémentaire au CIRAD à Montpellier (site de Baillarguet).

contact

Nom

Carvalho Marianne

Mail

emploi@cirad.fr

Adresse

CIRAD - Montpellier

CANDIDATURE

Processus

Candidature à déposer sur : https://recrutement.cirad.fr/offre-de-emploi/emploi-ingenieur-e-d-etude-en-bioinformatique-et-traitement-d-images-pour-les-comptages-de-nematodes-_5346.aspx

Pièces à joindre au dossier

C.V., C.V. Détaillé, Lettre de motivation